Al año siguiente regresó al Real Madrid, camiseta liverpool debutando en la Primera división de España el 5 de diciembre de 1998 en el partido RCD Español 0-0 Real Madrid. A mitad de temporada, decidió irse a las filas del Real Club Deportivo Mallorca. Primero decidió operarse a mitad de temporada, algo que no gustó demasiado en el Betis. En aquella temporada, Eto’o logró anotar 36 goles en todas las competiciones (su mejor marca en aquel momento) y su equipo se hizo con el «triplete». Pedro, en que las seis competiciones fueron a nivel de club, cinco de ellas fueron con su club y dos con su selección.
La operación de traspaso se cerró con celeridad en los siguientes términos: 105 millones de euros más 40 millones más en objetivos, tias buenas con camisetas del real madrid de los que ya han sido costeados 10 de esa cantidad abierta a los variables. El club balear se hizo con el 50% de los derechos federativos de Eto’o a cambio de 7,2 millones de euros. Eto’o fue transferido al Inter de Milán a cambio de Zlatan Ibrahimović y 38 millones de euros que pagó el club barcelonés al Inter de Milán. Tras la consagración del Inter de Milán como nuevo campeón del mundo, el camerunés fue elegido mejor jugador de la Final y Balón de Oro del torneo.
En 2005 Eto’o se proclamó campeón de la Supercopa de España de Fútbol. A pesar de todo, esa temporada Eto’o consiguió proclamarse campeón de la Copa Intercontinental con el Real Madrid. Fue el autor de dos de los tres goles del Real Mallorca en la final de la Copa del Rey de la temporada 2002-2003, en la que el Mallorca derrotó por tres a cero al Recreativo de Huelva. No obstante, el 12 de agosto de 2008, Pep Guardiola anunció en rueda de prensa que finalmente el jugador seguiría como miembro de la plantilla azulgrana. El jugador decidió fichar por el FC Barcelona, sabiendo que en ese club tendría asegurada la titularidad.
Hubo nueve temporadas consecutivas en la historia frente al Granada en los que el Real Madrid llegó a alinear a nueve porteros distintos: Juanito Alonso, Domínguez, Vicente, Araquistáin, Betancort, Junquera, Borja, nueva camiseta del real madrid 2019 2020 García Remón y Miguel Ángel. ↑ «Javier no irá al Real Madrid». ↑ «El Barça ficha a Junior Firpo». Anotó su primer gol en su debut oficial con el Barça ante el Racing de Santander en El Sardinero, mediante un penalti. El 20 de diciembre de ese mismo año fue elegido por la FIFA como tercer mejor jugador del año, por detrás de Lampard, segundo, y el jugador del Barça Ronaldinho.
En las semanas sucesivas, se publicó en la prensa el interés de diversos equipos por el jugador. Y por tercera vez consecutiva, se coronó como el mejor jugador africano del año 2005, convirtiéndose en el jugador que en más ocasiones ha recibido el premio. Todo ello le sirvió para ser nombrado futbolista africano del año en 2003, por primera vez. Además fue incluido en el «Equipo Ideal de la FIFA» por segunda vez consecutiva. Cada vez jugó más partidos hasta que, finalmente, se hizo un hueco en el once inicial de su club. Desde las oficinas del club también se deslizó que, por si acaso, el equipo no volvería a lucir de esta tonalidad. Real Madrid y Real Mallorca, propietarios a partes iguales del jugador, recibieron 12 millones de euros cada uno.