El partido se reanudó en el minuto 35 de la segunda parte y Alfredo solo tardó 56 segundos en anotar el gol camiseta las palmas del triunfo. Durante la disputa de la Eurocopa 2004, el estadio albergó varios partidos, incluyendo la final que enfrentó a la selección anfitriona contra la Griega, ganando finalmente esta última por un gol a cero. El equipo supo mantenerse durante la temporada en la zona tranquila de la clasificación, bastante alejado de los puestos de descenso gracias a su buen juego, que consiguió poner las cosas difíciles a rivales duros. La temporada 1965-66 se convierte en la única sin títulos de toda la década, aunque al año siguiente el equipo recupera el título de liga.
El equipo inicia la nueva década con la consecución del título de liga en el que logró 32 victorias, 5 empates y únicamente una derrota. La sección de fútbol sala del Sport Lisboa e Benfica fue inaugurada en 2001, compitiendo por primera vez en la liga portuguesa en la temporada 2001/2002. En la campaña de 2002/2003 consiguió su primer título de Liga y Copa. 1906, y de este hecho surgiría el nombre definitivo, Sport Lisboa e Benfica, y la introducción de una rueda de bicicleta en el emblema del club, camiseta del real madrid que aún se conserva. En la fecha 26 se consagra campeón, a pesar de su derrota contra Ferro por 3 a 0. Una semana después vence a Huracán por 6 a 3, con 3 tantos del goleador del torneo, José Sanfilippo.
Estadio de Balaídos y, una semana más tarde, con un 1-0 en Mendizorroza en la recta final del partido tras un gol de Édgar Méndez. En julio de 2012 un tribunal turco condenó a seis años y tres meses de prisión al presidente del Fenerbahçe, Aziz Yildirim, por amaño de partidos y formación de una organización criminal. Después de conquistar la Copa de Portugal de la temporada 1969-70, llega al Benfica un entrenador inglés, Jimmy Hagan, con el que el equipo tuvo tres años dorados. En la temporada 2002/03 el equipo se recupera en parte, quedando subcampeón, posición que repite en la siguiente temporada -la del centenario-, aunque esta vez se logra la copa de Portugal. En las modalidades de Hockey sobre patines y baloncesto destacan los 6 campeonatos nacionales conquistados en ambos deportes, y en ciclismo el equipo logra ganar 3 veces la Vuelta a Portugal. En esos años el Benfica creó también las secciones de hockey sobre patines, hockey sobre hierba, rugby, baloncesto, balonmano, billar y voleibol.
En voleibol, después de varios años sin conquistar títulos, en 2004/05 se logró el campeonato nacional y también la copa. Por cuarta vez en los últimos cinco años el equipo alcanza la final de la Copa de Europa, saliendo nuevamente derrotado por el Inter de Milán. James debutó en el humilde conjunto colombiano con sólo 14 años. Hay veces que el primer o segundo conjunto también resulta dañino para los ojos, pero suelen ser más parecidos de un año para otro. Posee también el privilegio de ser equipo portugués con mejor ubicado en la Clasificación histórica de la Liga de Campeones de la UEFA, siendo el 7º. Todo esto lo convierte en uno de los mejores equipos a nivel europeo.
Especialmente duro ha sido el último mes, en el que Bale ha empezado a dar problemas no sólo a nivel deportivo, sino a nivel colectivo en lo que a la relación con sus compañeros y a la grada se refiere. Benfica cuenta con grupos organizados de aficionados, siendo los más conocidos los Diabos Vermelhos (Diablos rojos), que mantienen una afiliación con el club, y los No Name Boys (chicos sin nombre), que tienen un carácter más independiente. El tercer portero del Real Madrid seguirá una temporada más por petición de Zidane. En el año 2001 se creó la modalidad de fútbol sala, logrando en su primera temporada el subcampeonato, y al año siguiente su primer campeonato, y desde entonces ganando otras cuatro ligas más, camiseta real sociedad además de varias copas y supercopas. En 1957 logra por tercera vez en su historia el doblete (liga y copa) y participa por primera vez en la Copa de Europa.
La acción se hizo legendaria en un clásico de Supercopa disputado en diciembre 