Con la victoria, el Bayern ganó su decimonovena Copa de Alemania y su duodécimo doblete doméstico. El equipo bávaro también conquistó la Copa de Alemania el 15 de mayo, consiguiendo así el doblete. Muchos de los jugadores ya están atados por contrato hasta más allá del curso, aunque el equipo querría recibir nuevas incorporaciones. El equipo mejora en la Bundesliga 2011-12 pero solo le da para ser subcampeón tras el Borussia Dortmund. El 25 de mayo, el Bayern se proclamó campeón de la Liga de Campeones de la UEFA tras ganar 2:1 al Borussia Dortmund en el estadio de Wembley.
El 6 de abril, el Bayern se proclamó campeón de liga por 23.ª vez en su historia, a falta de seis jornadas para el final, tras una victoria por 0:1 ante el Eintracht Fráncfort. En última instancia el Bayern cambio de un marrón rojizo a un tono básico de rojo y puso fin a la búsqueda de un aspecto coherente de una vez por todas. Esto no significó que el aspecto del uniforme no cambiara en años posteriores, solo que esta vez, solo fueron pequeños ajustes. Salinas explica la connotación erótica del cisne, en relación con el mito, al que Darío se refiere en varias ocasiones, de Júpiter y Leda. En marzo de 201, el club anunció el fichaje de Lucas Hernández del Atlético de Madrid por una tarifa récord tanto del club como de la liga por 80.000.000 €. En esta segunda final disputada ante el Atlético de Madrid, fue elegido mejor jugador del partido, tras volver a marcar en una final continental y haber trasformado su lanzamiento, en la decisiva tanda de penaltis.
Según informa el diario AS, Robert Lewandowski, delantero del Bayern Múnich, se ofrecería el próximo verano al Real Madrid, a pesar de que sabe que la política del club es no fichar jugadores de 30 años. Ha habido un par de temporadas donde los jugadores del Bayern vestían de color amarillo u oro, pero estos colores iban y venían, mientras que el blanco se mantuvo. En los primeros años del fútbol alemán, era muy común que los clubes de fútbol se fusionaran, con esto reducian los costes del club y se aseguraba la supervivencia de las entidades. Con esto se frenaba una racha de dos años sin títulos.
Dichas estrellas representan los veinte títulos de Bundesliga ganadas por el club. Finalmente, el 1 de junio, el Bayern gana 3-2 al Stuttgart, proclamándose campeón de la Copa de Alemania 2012-13 y completando así el primer triplete en la historia para un club de fútbol alemán. Villarreal (como campeón regional) pierde la eliminatoria directa de ascenso a Segunda División ante el Cartagena C.F.. Finalmente el Bayern acabó nuevamente la temporada sin títulos, al perder las finales de Copa (5:2 ante el Borussia Dortmund) y Liga de Campeones (por penaltis). El veterano técnico Jupp Heynckes, que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11, sería el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club bávaro.
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